C'est sur l'emplacement de l'église primitive Saint Etienne, dont l'évêque Gimer consacra l'autel Notre Dame en 917, que se situe l'église actuelle. Elle fut construite sous l'épiscopat de Pierre de Rochefort, dans la première moitié du XIVème siecle. Nous savons que les seigneurs de Palaja firent de nombreux legs à l'église.
Cet édifice gothique fortifié devait compléter la défense du château : on y trouve une tourelle avec archères. Le porche est surmonté d'une salle de garde également munie d'une archère à étrier.

L'ensemble de cette restauration a donné lieu à la remise du prix "Chefs d'oeuvres en péril", décerné par le Président Charles De Gaulle pour récompenser le remarquable travail des jeunes et de leur curé. C'est à cette époque que va débuter une longue série de concerts de musique classique, organisés dans un premier temps, pour financer les travaux.

En 1961, l'église est inscrite à l'inventaire supplémentaire des Monuments Historiques. Un peu plus tard, en 1964, un conflit éclate entre Mr le curé soutenu par ses paroissiens, l'architecte des Bâtiments de France, la municipalité à propos de gros travaux (démolition de la voute de la nef) ordonnés par l'architecte et qui ont sérieusement détérioré l'orgue resté de longs mois à ciel ouvert. Un gros travail de restauration sera entrepris sur l'instrument en 1998.
En 1975 et 1978, des objets sacrés sont classés "Monument Historique" : une statue de la Vierge en bois doré, un calice et une patène d'argent, une statue de St Etienne en bois polychrome.
A partir de 2003, la municipalité décide un programme de réhabilitation du "coeur du village", et les travaux concernent tout d'abord les abords de l'église et la rue "La Farga". L'année suivante débute un programme de restauration, prévu sur 10 tranches annuelles. Ces travaux sous l'égide des "Bâtiments de France", sont conduits par un architecte agréé et sont financés par la DRAC, le Conseil Régional, le Conseil Général et la municipalité. Ils sont réalisés par des entreprises spécialisées dans la restauration de monuments historiques.

Cette ancienne chapelle dédiée à la Vierge a connu au cours des années, des signes de dévotion de la part des Palajanais et des artisans de Carcassonne. Une procession y a été organisée le 20 août 1709. La fontaine qui y coule était connue pour la guérison des fièvres. Des photographies anciennes montrent des malades couchés sur des brancards, devant l'oratoire.
Aujourd'hui, la fontaine alimentée par une source située à proximité, n'est plus en service. L'eau qui coule dans l'ancien abreuvoir est non potable car elle récupère le trop plein du bassin situé au dessous de la statue de la Vierge.
Depuis quelques années, l'association "Les Amis du Vieux Palaja" y organise une procession le 15 août. Une messe est organisée le 15 août.

Cette tour, que l'on peut voir lorsqu'on vient de Carcassonne, est à gauche de la ligne droite qui précède l'entrée de Palaja. Elle a longtemps été utilisée comme pigeonnier (d'où son nom). C'est grâce à Joseph Dovetto, Palajanais et Professeur au Lycée Charlemagne, que des fouilles ont été entreprises par ses élèves fin 1990. Le site a été débroussaillé, les vestiges des murs de l'église d'un ancien prieuré ont été mis à jour. Le bulletin de la Société d'Etudes Scientifiques de l'Aude de 1991, fait état de ces recherches. (voir document ci-contre)
Les origines de ce Prieuré remontent au début du XIème siècle. C'est au cours des XIIIème et XIVème siècles que les seigneurs de Palaja se faisaient enterrer dans le cimetière proche de l'église. Bien que profanée et détruite partiellement au cours du XIIème siècle, des chapelains sont nommés jusqu'à la fin du XVIIIème et le service religieux sera célébré dans l'église paroissiale. La destruction et l'enfouissement de l'église et du cimetière attenant, dateraient du XIXème siècle.
Compléments d'information sur l'histoire de ce Prieuré  par Mme Viguier de Palaja.